生殖器疱疹是通过性交传染单纯疱疹病毒而发病。在性交时由于相互间摩擦造成生殖器皮肤黏膜轻微的损伤这就使单纯疱疹病毒有可乘之机，侵入到人体。从病毒进入机体到发病之间的潜伏期一般为1周，但也可长至3周。发病的部位在男性多见于阴茎、龟头及包皮，女性多见于外阴、阴道及宫颈。在男男同性恋者，疱疹多见于肛门周围。

常见的表现为阴部出现一堆约3～4个至5～6个小水疱，基底有些潮红。几天后水疱破溃成为小的糜烂面或浅的溃疡，自觉疼痛不适，不治疗也可很快愈合，不留瘢痕。若疱疹发生在尿道口，那么水疱糜烂可使患者感到小便时疼痛，小便次数增多，尿道口有分泌物。若发生在阴道、宫颈，阴道分泌物会增多。在水疱的疱液及糜烂面的分泌物中含有疱疹病毒，此时发生性行为有很强的传染性。

还有一部分生殖器疱疮患者，由于是初次感染单纯疱疹病毒，在医学上把这种首次发生生殖器疱疮称为原发感染，症状较为明显。患者可感到全身不适，如发热、头痛、肌肉酸痛等。外阴部出现成群的水疱，破溃后发生糜烂、溃疡，炎症较为明显，红肿，自觉疼痛，大腿根部的腹股沟淋巴结亦可肿大，压之疼痛。