预防本病的关键在于合理使用抗生素，不要长时间、大剂量使用抗生素。艰难梭菌的大多数菌株在体外对许多抗生素敏感，包括青霉素、四环素和噬诺酮类。但对由该菌引起的肠道病通常仍采用口服万古霉素或灭滴灵治疗。对于不能耐受口服抗生素治疗的病人可采用肠道给药。