木瓜不仅是一种美味的水果，还有医疗效果。木瓜中含有一种称为番木瓜(papain)的重要消化酶，可将蛋白质类食物分解成可消化的状态，可溶解高达其本身35倍的瘦肉，这就是人们会以木瓜来治疗蛋白质消化障碍的原因。其在木瓜树的叶部及尚未成熟的木瓜果皮中含量最多。