为了要鉴别其良恶性，目前手术前的临床手段包括病史﹑查体﹑影像学检查以及血清肿瘤标志物检查等，都不能完全判断肿瘤的性质，手术是确诊的重要一环。而且卵巢子宫内膜异位囊肿对药物治疗不敏感，换言之，即药物不能缩小异位囊肿的体积。因此, 卵巢子宫内膜异位囊肿首选手术治疗，其中腹腔镜手术微创，术后粘连减少，为选中之选，但也要取决于手术医生的经验和实力。