原因有很多，当肠道菌群平衡被破坏，使某种菌群过多或过少、外来致病菌或过路菌定殖或者增殖、某些肠道菌向肠外其他部位转移等等情况发生时，即是肠道菌群失调，引发原因通常是婴幼儿喂养不当、营养不良、年老体弱、肠道与其他系统急慢性疾病、长期使用抗生素、激素、抗肿瘤药物、放化疗等等。