南板蓝根和板蓝根是有区别的。主要区别是：板蓝根是一种来自于十字花科植物菘蓝，而且是广泛的分布在我们国家的北方的陕甘蒙、冀鲁、江浙皖等地，而南板蓝根是属于爵床科植物马蓝的干燥根并广泛分布于我国南方的云贵川、两湖两广、闽台等地区，这是两者在地域上的差异。但是二者在用量方面有差异，板蓝根用量一般不超过15克，而南板蓝根用量在10-30克之间。