抗菌也是白芷粉的一项功效。白芷煎剂对大肠杆菌、痢疾杆菌、变形杆菌、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、绿脓杆菌、霍乱弧菌、人型结核杆菌等均有抑制作用。本品所含的氧前胡素体外试验对11种菌株有抗菌作用，欧前胡素亦有抗菌作用花椒毒素，对人型结核杆菌H37RV的MIC为100mcg/ml。水浸剂对奥杜盎氏小芽胞癣菌等致病真菌也有一定抑制作用。