一般部分婴幼儿的肛瘘有自愈倾向，可以先保守治疗，先排脓采用中医中药治疗，可以口服清热解毒中药，外用肛肠科特制的膏、散等外敷，由于小儿肛瘘管道较为短浅，排脓后症状可以很快减轻，有些可以自愈，对于反复形成慢性瘘管的患儿，需要手术治疗。