目前肠炎的主要治疗方式以口服药物为主，它主要针对的是大肠杆菌用药，如阿莫西林胶囊，头孢呋辛酯，头孢克肟分散片，头孢氨苄片，以及喹诺酮类的盐酸左氧氟沙星等治疗。但是喹诺酮类药物禁用于18岁以下，60岁以上的人群，这类药物可以影响骨垢的愈合，对肾功能造成损害。溃疡性结肠炎可以口服美沙拉嗪治疗。口服效果欠佳时可以通过中药灌肠，或者抗生素灌肠治疗。