骨髓穿刺可以查出血液系统疾病，如急性白血病和慢性白血病，以及多发性骨髓瘤和缺铁性贫血，溶血性贫血等疾病。败血症患者可以做骨髓穿刺检查，做骨髓培养查出病原菌。某些寄生虫病可以作涂片检查，对于恶性肿瘤，如果怀疑骨髓转移，可以做骨髓穿刺检查确诊治疗。