慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

慢性腹泻和急性腹泻的发病原因、症状表现、发病时长，以及治疗方法都有所不同。慢性腹泻的病因比较复杂，可能是因为疾病或受到了感染所造成的，如果不及时治疗，可能会出现营养不良的情况，且发病时间较长，在治疗上需要根据病因针对性处理。急性腹泻主要是因为吃了不干净食物所造成的，发病时间比较短，患者容易出现发热的症状，需要使用一些调节水电解质的药物。

慢性腹泻的发病和某些全身性的疾病有着密切的关系，比较常见的就是糖尿病，部分患者是因为甲状腺功能亢进所致。某些胃肠道疾病也容易引起慢性腹泻，比如说溃疡性结肠炎，再就是患有大肠癌，还有部分患者是因为患有克隆病，也就是节段性肠炎。

当出现慢性腹泻时，西医上会建议用肠炎宁片等止泻药、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等肠道微生态制剂止泻；必要时应用补液盐防止脱水。中医上可辨证服用胃苓汤加减、葛根岑连汤加减、痛泻要方加味等中药治疗；也可以选择推拿按摩的方法止泻。

小儿的消化系统发育还不是特别的成熟，肠胃功能比较差，如果饮食不当可能会导致慢性腹泻；细菌或病毒感染、着凉、不注意卫生、有乳糖不耐受问题时，也常会有慢性腹泻出现。细菌或病毒感染、着凉等引起肠炎时，还常会伴随着发烧症状。