缺点是容易引起感染，长期卧床病人抵抗力很低。如果再次使用呼吸机，特别是对有创呼吸机和气管切开患者，感染的机会将大大增加。如果患者反复感染并经常使用抗生素，有可能引起细菌耐药性或超级细菌，这可能对治疗产生严重影响。此外，使用呼吸机的缺点很可能会引起呼吸机依赖，一般使用呼吸机一周以上的患者很可能会引起这种情况。