穿刺是一种侵入性产前诊断方法有一定的伤害风险。羊膜穿刺术可能导致下腹痛、阴道出血、胎膜早破、流产和早产。对于位于前壁的胎盘病人，羊膜穿刺术针可能会导致胎盘后血肿，甚至胎盘早剥，有些羊膜穿刺术可能会导致羊水栓塞，危及母亲生命，一些羊膜穿刺术在操作上并不熟练。如果羊膜穿刺术是在没有良好监测的情况下进行的，羊膜穿刺术的针可能会直接插入胎儿体内，对胎儿造成伤害。