造血综合征的治疗是复杂的。一方面，原发性疾病治疗，如血液/淋巴系统肿瘤，需要化疗和感染相关噬菌体综合征需要抗感染治疗。同时应采用造血综合征的发生发展。目前，HLH2004方案广泛应用于继发性造血综合征的治疗。2004年方案根据地塞米松和环孢素分为初始治疗期和前8周维持治疗期。在急性时相使用丙种球蛋白有助于缓解病情。