胃间质瘤的手术主要由肿瘤大小和生长部位决定。该手术需要去除以避免接触肿瘤，以防止间质瘤在被破坏后扩散到腹腔，并且胃的功能可以与肿瘤的大小和生长部分结合而保留。肿瘤靠近门静脉，肿瘤切除可能影响闸阀的功能，幽门瘤相对较大，在幽门保留的情况下难以完全切除肿瘤。因此，上述两个位置是基质肿瘤手术的挑战。相反，一些大曲线侧基质肿瘤的效果良好，手术难度较低。