一旦被确诊为多系统萎缩疾病，多数患者预后不良，从最初症状到运动障碍和自主神经系统功能障碍，平均发展时间只为2年。据研究，自主神经系统的被多系统萎缩损害的越严重，对黑质纹状体的损伤也就越小，患者的预后效果也就越差。现在医学界还没有很好的治疗方法，现在主要是针对帕金森综合征和自主神经障碍症来进行治疗，缓解病情。