1.这两种肺炎的病原菌是不同的，病毒性肺炎常由甲型流感病毒、麻疹病毒等引起，真菌性肺炎主要由链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌等引起。2.真菌性肺炎和病毒性肺炎主要在冬季和春季暴发，但真菌性肺炎的主要人群是青壮年、婴幼儿或老年人，而病毒性肺炎在儿童或成人中较为常见。