具有较小的室间隔缺损的患者没有明显的临床症状，大多数患者是通过体检发现的。缺损面积较大的患者在早期会出现全身缺血的迹象，这主要是由于疲劳，活动耐受性低，心悸，呼吸困难，呼吸急促和生长缓慢。当左心室压力低于右心室压力导致右心室分流至左心室时，还会伴有发绀。伴随有诸如肺炎的感染性疾病，可能发生危及生命的疾病，例如急性心力衰竭和严重的心律不齐。