胃间质瘤的治疗应采用以手术为主的综合治疗方法。间质瘤需要在手术中切除。中度恶性间质瘤约2到4厘米，高度恶性间质瘤超过5厘米。中度或高度恶性间质瘤病人即使在彻底手术后仍可复发和转移。因此，术后应及时预防和定期复查。通过密切随访和观察，应提前发现复发迹象并及时治疗，必要时在胃镜下再次切除。