鼻窦炎眼睛疼可能是因为长时间流鼻涕所引起的，还可能是由于经常打喷嚏所导致的。去三甲医院做鼻部检测，在医生指导下口服药物进行治疗，服药期间不能私自停药或减量，以免影响治疗效果，平时可以多加强身体运动锻炼，增加身体免疫能力。