导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的原因分为非病理性和病理性两种，其中非病理性包括饮食不净、精神过度紧张、感染、脂肪吸收不良和过敏等等；病理性原因包括糖尿病和大肠癌。不论是哪种原因所造成的慢性腹泻，都需要尽早的接受治疗，否则可能会使病情更加严重，甚至还会引起其他并发症。

慢性腹泻可以对症服用中成制剂治疗，若是与湿热下注病症有关，可以服用葛根岑连丸。脾肾阳虚者可以选择服用四神丸，在存在有脾肾虚寒一类病灶时则可以改用泻痢固肠丸。除此之外，还可以服用参苓白术丸、调脾止泻丸以及枳实导滞丸一类中成制剂。文中药物仅供参考，需遵医嘱谨慎用药。

慢性腹泻在中医上被分为多个证型，其中分为寒湿泄泻型、水饮留肠型、湿热泄泻型和瘀阻肠络型等等，建议可以服用平胃散、苓桂术甘汤合己椒苈黄丸加减、葛根芩连汤加减和少腹逐瘀汤加减等药方。这些药方对治疗慢性腹泻都有一定的效果，除此之外，还可以针灸天枢穴、足三里穴等部位，这样能够改善症状。

小儿的消化系统发育还不是特别的成熟，肠胃功能比较差，如果饮食不当可能会导致慢性腹泻；细菌或病毒感染、着凉、不注意卫生、有乳糖不耐受问题时，也常会有慢性腹泻出现。细菌或病毒感染、着凉等引起肠炎时，还常会伴随着发烧症状。