复发性口腔溃疡有很多原因。发病机制尚不十分清楚。诱因可能是局部创伤、精神压力、紧张和缺乏维生素、微量元素、药物作用、激素水平变化或全身疾病，包括胃溃疡、十二指肠溃疡、糖尿病、遗传因素等很大一部分免疫因素，包括免疫系统和内分泌系统异常，可能导致口腔溃疡。然而，也有许多患者是健康的，没有全身疾病。由于口腔溃疡的病因尚不清楚，诊断依据是临床表现，治疗也尽可能是对症治疗。