诊断为多系统萎缩的患者，多数预后不良。从第一症状进展为运动障碍和自主神经系统功能障碍的时间一般为1-10岁，2年的平均时间。平均需要3年从发病到需要的行走辅助，平均5年的轮椅，平均8年卧床不起，平均9年来死亡。对于多系统萎缩，更大的损害植物神经系统，较轻的黑质纹状体系统的损害，患者的预后越差。