厌氧菌感染优先使用硝基咪唑类药物，如甲硝唑、奥硝唑、替硝唑。其次选择的药物有林可霉素、克林霉素、氯霉素、大环内脂类抗生素、万古霉素、去甲万古霉素以及青霉素类的抗生素。硝基咪唑类药物除了对厌氧菌有效外，还可治疗滴虫、阿米巴，并对蓝氏贾第鞭毛虫具有较强的抗微生物活性，可治疗败血症、骨髓炎、腹腔感染、盆腔炎等多种厌氧菌感染。