不明原因长期低烧主要还是与疾病因素有关。会导致患者出现长期低烧的疾病有风湿免疫相关疾病、肿瘤疾病、血液系统疾病以及感染性疾病等等。其中风湿免疫相关疾病主要就是指系统性红斑狼疮、皮肌炎以及干燥综合症、类风湿性关节炎的鞥等。感染性疾病主要包括细菌感染性疾病、病毒感染性疾病以及真菌、结核菌感染性疾病等等，如果感染了艾滋病病毒，患者也会出现低烧的症状。