由于含牙囊肿相对创伤大，现在含牙囊肿大部分是在全身麻醉下进行的，所以含牙囊肿应该住院治疗，住院后进行术前检查，术前检查排除胸片、心电图、血液常规、凝血功能、传染病等手术禁忌后，一般对患者进行手术治疗。手术一般在麻醉下进行，患者在手术中没有感觉不舒服，术中切开相应部位，暴露囊肿后，连同牙齿一起摘除，进行伤口缝合，术后对症给药，观察到伤口没有明显的感染后出院。