耐药性有原发性耐药性和继发性耐药性两种情况。原发耐药是指目前研究的药物无法抵抗体内的HIV病毒。继发性耐药性是考虑在给药后病毒面临药物的压力，常常制造药物无法控制的病毒，产生新的病毒，产生耐药性。如果按时服药，每天复制的病毒数量较少，发生变异的病毒较少，如果不按时服药，血药浓度降到无法完全抑制病毒复制的程度，病毒就会得到可以搭乘的机会，借机制造出抗变异的病毒。