如果是针对单纯肠结核是无需进行手术治疗的，患者一般可以尝试通过抗结核治疗，或辅以营养支持治疗，多数患者可以痊愈。如果发生肠梗阻，甚至肠穿孔及慢性溃疡，导致肠子之间的瘘道形成，甚至个别患者与膀胱，或与女性阴道，形成瘘道，需通过手术治疗。部分患者因为慢性溃疡，引起肠管出血，通过内科治疗无法控制，也需要急诊手术。