巧克力囊肿是从子宫内膜异位症到卵巢的病变，进行性疼痛是疾病的主要症状之一。多为继发性，即自子宫内膜异位症发病以来，患者诉前期月经时无疼痛，且从一定时间开始出现痛经，可发生在月经前，月经期间和月经后。有些痛经比较难忍，需要卧床休息或服药止痛，甚至痛到“滚炕”或打头，疼痛往往随着月经周期加重，月经结束而消失。此外，巧克力囊肿对直肠的周期性刺激也会导致剧烈疼痛。