对于无症状的带虫者和患者应及时治疗，以减少和控制传染源。对于阴道毛滴虫感染者，夫妻或性伴侣双方应同时治疗方可根治。药物治疗，对于阴道毛滴虫感染者，临床上常用的口服药物为甲硝唑。局部治疗可选用1:5000高锰酸钾溶液或乙酰胂胺冲洗阴道；也可用甲硝唑和扁桃酸栓。人毛滴虫感染和口腔毛滴虫感染均可采用口服甲硝唑治疗，如果合并细菌感染需要加用抗菌素。