怀孕早期有褐色分泌物，可能和以下几种原因有关：1、损伤因素，宫颈有息肉或者糜烂等宫颈病变，也可表现为机械原因或者非机械原因导致的毛细血管再度开放。2、先兆流产症状，宫内感染因素或者是过度劳累等原因造成先兆性流产。3、宫外孕，如果胚胎发育在宫腔以外，会导致雌激素发生变化，引起宫内粘膜出现脱落出血。具体的原因需要去医院进行相关检查来鉴别诊断，排除宫外孕和先兆流产的可能。