临床治疗食管黏膜异位症主要缓解症状，预防并发症。要查明食管粘膜异位症的病因，是否有食管炎、慢性胃炎等。治疗应该是有症状的，如果没有症状，就不应该处理。当症状严重时，可采用内窥镜治疗，并可采用探条扩张结合制酸治疗食管狭窄。