肠结核和克罗恩病都可以表现为腹痛、右下腹包块、腹泻等等，但是这两种疾病有很多区别。
第一，病因不同。肠结核是肠道的结核杆菌感染，克罗恩病是一种和免疫相关的肠道炎症性的疾病。
第二，克罗恩病的病程比较长，它累及肠道的范围比较广，可以累及全消化道，而一般肠结核主要是累及结肠。
第三，克罗恩病的病人往往会合并有肛周的疾病，比如肛周瘘管、肛周脓肿，以及腹腔内的瘘管形成。
第四，结核病病人有明显的结核感染证据，比如抗结核抗体阳性、PPD试验阳性、T-SPOT阳性，或者患者有肠外结核的表现。
第五，肠结核的病人经过抗痨治疗后，症状及影像学会明显好转。另外，如果有条件能够得到患者肠道的病理，肠结核病人的病理特点是干酪样坏死，而克罗恩病的病理特点是非干酪样肉芽肿，以上就是两种疾病的区别。