绝经后有一部分卵巢囊肿会消失，尤其是卵巢的生理性囊肿，是由卵巢分泌的雌孕激素的作用所导致。当绝经后，分泌的雌孕激素水平下降，生理性囊肿一般不会出现。子宫内膜异位症囊肿也有可能随着卵巢功能的衰退，在绝经后缩小甚至消失。因此子宫内膜异位症囊肿绝经期前比较小暂时不用手术治疗，在但在绝经后有一部分的囊肿是不会消失，比如像浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤等等，甚至会有新出现的卵巢囊肿。这种情况要引起重视，卵巢功能衰退，新出现的卵巢囊肿往往是病理性的囊肿，要进行密切的观察和随访，如果仍持续存在或增长，则需手术治疗。