男性尿道炎的药物治疗有两大类。第一、抗生素类。因为男性尿道炎主要是性传播或者包皮过长、包茎引起的细菌感染性疾病。所以临床上通常采用头孢类抗生素大剂量长程治疗。非淋病一般性的细菌感染患者常使用喹诺酮类抗生素。若使用喹诺酮类后仍无效，临床上一般建议患者做尿细菌培养加药物敏感实验，找出病原菌后对症治疗。第二、中成药类。因为男性尿道炎的临床表现在中医中被纳为淋症，因此有很多的中成药，如癃清片、金钱草已被证实可使尿道消肿物，因此可以改善尿道炎症状。