肛瘘检查首先采用视诊，检查体位一般为侧卧位，因为肛瘘在肛门外有破溃口会流脓，所以大多数肛瘘都有外口，当然也有部分肛瘘没有外口。视诊时如果有破溃口，或周围有炎性增生，会怀疑为肛瘘；方法二为指诊，指诊是用手指沿外口往肛门内摸，看能否摸到管道，表浅瘘管是能摸到像筷子或像锁条一样的异物，这是瘘管。另外到肛门内部做内指诊，也是用手指摸，检查是否有内口。肛腺一般在肛门内1.5到2公分的位置，摸肛腺是否有凹陷或硬结。另外括约肌处有瘘管，也会有所显现，比如锁条、硬结等；方法三为探针检查，用一根较细的探针，从外口探入，看能否探到管道；方法四为B超检查，专业的B超师能够测出瘘管，是高位复杂性肛瘘；方法五为核磁，比有经验的核磁大夫能够看出瘘管的走形。在做复杂性肛瘘时，也要他们辅助检查，以确定漏管的走向。