阴茎根部皮肤有水泡，多考虑是病毒细菌毛囊炎感染等等一些病因而导致的。可以根据病情病因病症的不同去附近医院的男科具体的检查一下，具体的看一下，明确诊断在医生指导下积极的对症调理。平时需要穿棉质内裤，戒辛辣油腻刺激性的食物，在医生指导下对症治疗定时复查。如果长期如此的话，最好还需要检查一下是否严重。