在进行上颌窦囊肿手术时，选择全麻手术，整个手术过程没有任何感觉，所以不会感觉痛苦；选择局麻手术时，会因内心恐惧而感觉到痛苦；手术结束，麻药药效消失后，创口处会有疼痛感；一般单侧囊肿手术痛苦较小，双侧囊肿手术痛苦比较大。