男性尿道炎的药物治疗有两大类常见的药物。第一大类就是抗生素类的治疗。临床上通常用的比如治疗淋病有专门的头孢类药物，一般需要较大的剂量连续使用一周或更长的时间。如果是治疗非淋病的一般性细菌感染，临床上通常使用喹诺酮，比如各类的沙星类的药物，如果这类病人经过喹诺酮类常规治疗淋病仍然无效，临床上一般会推荐患者做尿细菌培养，再加药物敏感实验，用实验方法来证实导致男性尿道炎具体是哪个细菌导致。然后再选用耐药率相对低抗生素。第二类常用的药物是中成药，因为男性尿道炎的尿频尿急尿痛在中医学中被纳为淋症的范畴。因此在中医中有很多的药物，比如癃清片、金钱草这一类有明确证据，可以让尿道消肿的药物，也可以帮助患者有效地改善症状。