对于大多数的卵巢囊肿来说，尤其是卵巢的生理性囊肿，不需要进行治疗。对于子宫内膜异位症导致的巧克力囊肿，如果囊肿的直径小于五厘米，如果没有引起明显的临床症状，比如不孕症或是严重的痛经，或者由于囊肿的反复发生破裂，这种情况暂时可以先不进行治疗。而对于有生育要求的女性，可以鼓励她尽快的试孕。如果能够怀孕，往往在妊娠期和哺乳期的时间内没有月经来潮，巧克力囊肿可能会逐渐的吸收，囊肿也会逐渐的缩小。也可以采取一些保守治疗，像假孕疗法、假绝经疗法等等，可以在一定程度上抑制卵巢囊肿的生长，但是在停药之后是有可能会发生复发。