慢性腹泻的病程一般是两个月以上，如果连续两个月都出现了腹泻的症状，可以被称为是慢性腹泻；除此之外，如果腹泻发作的时间不长，但是在一年内累计发作超过了三个月，也可以被称为慢性腹泻。如果在这期间出现的食物中毒、消化不良或肠道疾病，就可能会使慢性腹泻的病程延长。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

大多数患者会出现慢性腹泻，主要是因为消化不良、受到感染、脂肪吸收不良或食物中毒所造成的，例如经常吃一些油腻且不容易消化或腐烂的食物，就很容易导致腹泻发烧。除此之外，还有部分患者是因为本身就患有肠道疾病所引起的慢性腹泻，这都需要尽早接受治疗。

出现慢性腹泻症状时，可以服用西药进行治疗，比如用益生菌调理肠道菌群，用蒙脱石散、诺氟沙星胶囊等止泻；也可以辨证服用中药治疗，比如黄连素、加味胃苓汤、参苓白术散等，都可以起到不错的止泻效果。

慢性腹泻的常见并发症为营养不良和维生素缺乏症，与长期性大便次数增多和营养流失有关。同时会导致抵抗力下降，而出现真菌性肠炎一类继发性感染疾病。部分患者可能会并发中毒性肝炎，还可有电解质紊乱及肠出血的可能性，严重时会导致肾衰竭。