1、消化系统危害：有消化系统症状的病人占百分之十。表现为消化功能紊乱，或伴有肝、肾及十二指肠溃疡等疾病。
2、神经系统危害：由神经系统症状者占百分之十。表现为自主神经系统功能紊乱，精神紧张，失眠多梦，健忘等。从病史中多见精神创伤引起发病或使病情加重的病例。
3、高血压：有高血压病人占百分之十，国外有人认为口腔扁平苔藓与高血压关系密切。
4、糖尿病：国外学者反响口腔扁平苔藓病人中百分之十三同时患有糖尿病。我国资料显示患糖尿病的不超过百分之十，但临床上经常见到当血糖及尿糖增多时口腔或皮肤的病情加重。反之，当血糖得到控制后口腔及皮肤的损害多会减轻或愈合。
5、其他全身疾病：如心脏病、关节炎、泌尿系统疾病、贫血等均有伴发，各占百分之十。