1、肾功能衰竭：输尿管结石的最主要危害就是会导致肾功能衰竭。如果任凭输尿管结石发展，最后可能会发展为输尿管肾脏功能衰竭，即常说的尿毒症。其次，输尿管结石如果堵塞输尿管后，输尿管内的尿液不能顺利排出，就会导致输尿管脏积水，尿液长期积存在输尿管内，继发感染，甚至出现尿毒症，威胁输尿管结石患者生命。
2、局部损伤：输尿管结石的出现会造成局部损伤，小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状输尿管结石可使输尿管盏、输尿管盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化。
3、引发尿路梗阻：输尿管结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水。梗阻以上部位承受压力过大，输尿管血流减少，使输尿管功能下降或完全失效。