阴茎疼痛的原因有很多，在这里主要有以下两种疾病：
1.阴茎海绵体硬化症：其发生疼痛主要是在阴茎勃起的时候，阴茎海绵体的纤维化导致勃起时疼痛。
2.包皮手术后的病人：如果手术过程中切除过多的包皮，当阴茎勃起的时候，其海绵体能够正常勃起。而因为包皮被切除过，不能进行正常程度的伸展，导致包皮受到牵拉，引起疼痛。