病毒性脑炎通常是由感染引起的。引起脑炎的病毒包括腺病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒、肠道病毒、单纯疱疹病毒、流感病毒、巨细胞病毒、腮腺炎病毒等。病毒通过蚊虫叮咬从呼吸道和消化道侵入人体后，在淋巴系统中传播，并通过血液循环感染各种器官。大量在器官中繁殖的病毒会进一步扩散到全身，导致病毒血症。发烧和其他全身症状可能在侵入中枢神经系统之前出现。如果身体不能产生足够的抗体，并且此时快速老化屏障功能异常，则病毒通过脉络丛和血管内膜进入中枢神经系统。