1、非重要部位的较小囊肿或其他体积小的囊肿，特别是没有引起明显症状的先天性囊肿，进行临床的随访观察，不需要过多干预。
2、对于一些引起症状的囊肿，则需要进行神经外科手术治疗。比如桥小脑角区的表皮样囊肿，经常会引起患者出现面部的疼痛。鞍区的Rathke裂囊肿，可能会压迫垂体和周围邻近的结构，使患者出现一系列的症状。