甲状腺结节大多是由于自身免疫反应所导致的。当免疫功能紊乱的时候，会产生一种抗体，也就是甲状腺抗体，这种抗体会破坏甲状腺。但这时候机体又会不停的自我修复。长时间的炎症反复破坏，与自身的反复修复，会导致甲状腺结构的紊乱，在此基础之上就可以产生甲状腺结节。
这一类甲状腺结节大多数是良性的。另外甲状腺退行性病变，甲状腺囊肿、结节性甲状腺肿等多种甲状腺疾病都可以表现为甲状腺结节。结节可以分为良性和恶性，百分之九十几的病人都是良性的，只有极少数是恶性的。恶性也可以微小癌，有很多分型，比如说乳头状癌，恶性程度是很低的。其他的比如说水样癌等，这种情况就要及早的处理。