子宫是由平滑肌构成的空腔器官，一般不会出现囊肿，所以大多数说的子宫内有囊肿，在临床上常常指的是宫颈纳氏囊肿，是由慢性宫颈炎症所导致的，往往不会引起任何症状，在妇科检查的时候才会发现，宫颈有青白色的小泡，生长缓慢，囊壁也特别薄，建议定期进行检查，也可以定期地进行TCT和HPV检测就可以了，一般是不需要进行治疗的。
如果确实是子宫体上出现囊肿，一般是指子宫肌瘤发生囊性变，子宫肌瘤是临床常见的妇科良性肿瘤，其恶变率一般不超过1%，但是子宫肌瘤如果生长过快，血供不够，就有可能会导致内部缺血，缺少营养物质的供养，可能会发生缺血性坏死，而出现子宫肌瘤变性，形成子宫囊肿。出现这种情况，建议尽早进行手术治疗，以免发生恶变，手术方式可以根据患者的年龄，是否有生育要求，子宫囊肿发生的部位等采取子宫肌瘤剔除术、全子宫切除术或次全子宫切除术，如果已经发生恶变，即形成了子宫肉瘤，则手术范围会需要进一步扩大。
盆腔内最常见的囊肿一般是发生于卵巢和输卵管，在临床上一定要进行区别，对于卵巢上，或者输卵管上发生的囊肿，一定要进行检查，看是生理性囊肿，还是病理性囊肿，一般生理性囊肿不需要处理，3到6个月于月经干净之后，复查B超就可以，如果月经干净之后再复查，B超没有了，就说明可能是生理性囊肿。病理性囊肿又包括卵巢囊肿、输卵管囊肿、盆腔囊肿，卵巢上的囊肿也是有多种，有良性的和恶性的，需要进一步进行肿瘤标志物的检查，对于高度可疑恶性的肿瘤，应该尽早地进行手术治疗，对于恶性的肿瘤，像卵巢癌，术后往往还需要进行化疗。