孕酮低，分为非孕期孕酮低和孕期孕酮低。非孕期孕酮低，一般是卵巢黄体功能不健的表现，而孕期孕酮低常常与检测时间过早、孕囊过小相关，但有时与先兆流产、胚胎停育，甚至宫外孕相关，需要做出鉴别。非孕期如果孕酮较低，一般是卵巢黄体功能不健的表现，常常合并有月经异常，比如月经周期缩短、月经提前来等等，一般建议在黄体期补充孕激素治疗。
孕期孕酮低是比较常见的，如果孕期孕酮低于20ng/ml，考虑孕酮较低，常常是先兆流产的表现，要给与补充孕激素治疗。但大部分情况下，孕酮低与测量过早相关，所以临床上不建议过早的测量孕酮，会引起不必要的焦虑。如果在孕六七周以后仍然孕酮较低，是先兆流产的表现，要给与补充孕激素治疗，尤其是合并阴道出血、腹痛等等，一定要给与补充孕激素保胎治疗，但是在保胎治疗之前，要除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况，要做B超检查。
如果B超未见宫内孕囊，要检查血HCG，两者相结合，判断宫外孕的可能性并作出处理，如果B超提示宫内孕囊、宫内孕，一般考虑先兆流产，给与保胎治疗。但如果宫内孕囊持续两周以上，仍然未见胎心或者平均孕囊直径2.5到3公分以上，仍然未见胎心，考虑胚胎停育，就不需要保胎了，要清宫终止妊娠。