梅毒晚期可以出现皮肤粘膜和内脏器官的多种病变。
皮肤粘膜的症状，比较有特征性的是结节性梅毒疹和梅毒性树胶肿，梅毒性树胶肿的好发部位是小腿，是晚期梅毒比较有特征性的一种皮肤改变，表现为局部出现生长性溃疡，里面有粘稠的树胶样的组织分泌物，树胶肿愈合之后会有萎缩性的瘢痕形成。晚期梅毒比较容易引起骨骼病变，导致肠胃的骨膜炎引起骨痛，还引起骨骼的畸形或者是病理性的骨折。另外晚期梅毒可以侵害眼睛，引起间质性的角膜炎，造成永久性的视力障碍甚至导致失明。
晚期梅毒还可以侵犯心血管系统，引起主动脉瓣关闭不全、主动脉瘤还可以导致冠状动脉的狭窄、阻塞以及心肌的树胶肿，如果动脉破裂可引起患者短时间内突然发病死亡，危及生命。另外很重要的晚期梅毒的损害就是神经系统的损害，包括各种类型的神经梅毒，有的无症状，有的会引起患者精神状态、记忆力还有性格的改变，另外还可以造成脊髓痨、麻痹性痴呆等严重的神经损害，最终也是会危及生命的。